Hỏi về xuất hóa đơn và hạch toán trả lại cho khách

Em có một hóa đơn xuất trả cho khách :
Khi nhập hàng :
Nợ TK156
Nợ TK 133
Có TK 331
Khi trả :
Nợ TK 331
Có TK 156,133
Hỏi :
1. Khi lên bản kê thuế GTGT em nhập hóa đơn trả hàng bình thường như bán ra đúng không ? Có cần điều chỉnh gì không ?
2. Do hạch toán trả hàng trong sổ nhật ký (excel) ghi có TK 156, có 133, còn lên phần mềm tồn kho thì em nhập hàng như hóa đơn xuất kho nên số liệu giữa sổ sách và phần mềm không khớp nhau ? Phần mềm chỉ hiểu là xuất ra là bán thôi (phần mềm thuê người ta làm ) 
Mong cách anh chị giúp đỡ